Coïncidant avec l'apogée de l'extension lusitanienne sur les côtes marocaines, la cathédrale de Safi a vu le jour en 1519. Elle fut construite par un maître d'oeuvre appelé Joao Louis.
En 1541, le roi Emmanuel, après avoir décidé de quitter cette place, ordonna sa destruction pour qu'elle ne tombe pas aux mains des Musulmans. Heureusement, son choeur ainsi qu'une chapelle furent épargnés.
Plus tard, ce qui subsistait de la cathédrale fut transformé en Hammam public (Hammam al Bwiba). Il fonctionnait encore jusqu'au début de ce siècle.
Au début du vingtième siècle, le Service des Beaux Arts à l'époque, est intervenu pour remédier à cette situation en classant la cathédrale comme monument historique.